随后入仓发酵40天，期间要经过两次翻仓。在经过最高温度60°以上的高温发酵，这样的高温对茅台酒中的微生物群进行富集筛选，弱者自然被淘汰。形成产香、产酒的独特微生物体系。

在茅台的制曲过程中，黄曲所占的成分比较高，据王莉介绍，一般发酵后的曲块分为黄曲、白曲和黑曲，黄曲是一般适宜的曲块，白曲是发酵不够的，黑曲是发酵过头的，而茅台的黄曲占比都达到了80%以上。发酵后的曲要拆曲，拆后的曲还要存储半年，发酵后的曲块在储存过程中水分等元素挥发，有利于酒的醇香。曲磨粉装袋就进入制酒生产。